La nuova aerostazione dell'Aeroporto di Olbia è stata inaugurata il 6 giugno 2004. I lavori di ampliamento e rifacimento dei vecchi locali, su progetto dell'architetto Willem Brower e dello studio tecnico Geogramma erano iniziati nel 2000. L’aerostazione è stata ampliata fino a raggiungere 42.000 mq, il triplo della superficie rispetto alla vecchia struttura. E’ dotata di 40 banchi check-in, 15 uscite, 5 pontili mobili (fingers), un ampio centro commerciale di 2.200 mq con negozi e servizi ed è stata disegnata per accogliere 4.500.000 di passeggeri all’anno. L’architettura è elegante e moderna, una particolare attenzione è stata dedicata allo studio della più armonica integrazione tra la struttura e il paesaggio sardo al fine di valorizzare al massimo le peculiarità del territorio e per offrire l’opportunità al passeggero e al visitatore di trascorrere l’attesa nel modo migliore e con il massimo dei comfort.

La torre di controllo è alta circa 42 metri ed ospita, su una superficie di 120 metri quadrati, la terza sala operativa più grande d’Italia, dopo quella di Malpensa e Bologna. Nella stessa sala vengono gestititi dai controllori sia il servizio di Torre (TWR) per gli atterraggi ed i decolli, sia il servizio Radar di Avvicinamento (APP– approach) degli aerei da e per l’aeroporto. Le posizioni operative, corredate da schermi radar CDS-1000 e terminali multifunzione per meteo e informazioni aeronautiche, sono 3 (controllore torre, controllore radar/planner e controllore radar/executive). 
 
Tali posizioni sono espandibili a 4 durante il periodo estivo, quando si registra il maggior carico di lavoro. L’aeroporto di Olbia è dotato di un’antenna radar dedicata che consente la fornitura del servizio radar di avvicinamento ai voli in arrivo e in partenza dallo scalo e ai sorvoli, grazie all’integrazione con il sistema radar del Centro di Controllo di Roma Ciampino. Sono state inoltre realizzate due nuove sale apparati nel sotto torre, della superficie complessiva di circa 270 metri quadrati, che alloggiano tutti i sistemi utili al servizio di assistenza ai voli (ricetrasmittenti, apparati radar, ecc.)
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